Am 1. Oktober 1956 trat Jürgen Muthke in die territoriale Wehrverwaltung ein und gehörte damit zu den Männern der ersten Stunde in der Bundeswehrverwaltung und schließlich auch im Verband der Beamten der Bundeswehr (VBB). Nach seinem Vorbereitungsdienst und der Ablegung der Laufbahnprüfung für den gehobenen nichttechnischen Verwaltungsdienst war er zunächst fast 13 Jahre in der Standortverwaltung Cuxhaven, dann im Kreiswehrersatzamt Bremen und schließlich als stellvertretender Behördenleiter den Standortverwaltungen in Seedorf und Delmenhorst tätig. Seit 1983 bis 2002 war Jürgen Muthke Leiter der Standortverwaltung Rotenburg (Wümme).

Hervorzuheben war und ist sein Engagement für die Umwelt. 1999 hat er die Medaille des Verdienstordens der Bundesrepublik Deutschland entgegennehmen können. Jürgen Muthke war in der Bundeswehr ein Vorreiter im Umweltschutz. Auch in der NABU-Gruppe Achim ist Jürgen Muthke bis heute bekannt. Auf sein Berufsleben blicke er heute zufrieden zurück und freue sich, dass er über den Verband der Beschäftigten der Bundeswehr e.V. (VBB) noch immer mit den aktiven Kolleginnen und Kollegen Kontakt habe.